Η δομή του Προγράμματος Σπουδών διασφαλίζει τη σταδιακή εμβάθυνση της γνώσης και την προοδευτική ανάπτυξη των μαθησιακών αποτελεσμάτων καθ’ όλη τη διάρκεια των σπουδών. Συνολικά, η διάρθρωση του Προγράμματος επιτρέπει τη σταδιακή μετάβαση από τη θεωρητική θεμελίωση στην εφαρμογή και τη σύνθεση, ενώ η ύπαρξη υποχρεωτικών και υποχρεωτικά επιλεγόμενων μαθημάτων (παραδόσεων και σεμιναρίων), σε συνδυασμό με τα μαθήματα ελεύθερης επιλογής, διασφαλίζει τόσο τη συνοχή του Προγράμματος όσο και την αναγκαία ευελιξία για την ανάπτυξη επιμέρους ακαδημαϊκών και ερευνητικών ενδιαφερόντων.
Τα 43 μαθήματα του ΠΠΣ είναι κατανεμημένα σε ομάδες ως εξής:
